Οι κύριοι παράγοντες που επηρεάζουν τη μικρο -οικολογική ισορροπία μπορούν να συνοψιστούν ως τρεις πτυχές του περιβάλλοντος, του ξενιστή και του μικροβίου.
Η ατμοσφαιρική ρύπανση, η αλλαγή του κλίματος, οι ζωοτροφές και το πόσιμο νερό, η ρύπανση και άλλοι εξωτερικοί παράγοντες, μπορούν να οδηγήσουν σε δυσλειτουργία του ξενιστή και μεταβολικές διαταραχές, επηρεάζοντας τη μικροβιακή χλωρίδα και τη μετάλλαξη του αποικισμού. Όπως η μειωμένη θερμοκρασία περιβάλλοντος, μπορεί να μειώσει τα εντερικά bifidobacteria.
Η ανοσολογική λειτουργία του ξενιστή είναι ένας σημαντικός παράγοντας για την αντιστάθμιση της επεμβατικής επίθεσης και την ενίσχυση της ικανότητας της άμυνας του ξενιστή και είναι επίσης ένα σημαντικό σύστημα για την εξάλειψη της ενδοτοξίνης, η οποία μειώνει την μικροβιακή ανισορροπία όταν ανοσοκατασταλτική και ανοσοκατασταλτική. Η φυσιολογική λειτουργία του ξενιστή, όπως η έκκριση του γαστρικού οξέος, η έκκριση χολής, οι μη φυσιολογικές κινήσεις του εντέρου, οδηγούν επίσης σε μικρο-οικολογικές διαταραχές.
Τα αντιβιοτικά είναι ένας σημαντικός παράγοντας για την πρόκληση ανισορροπίας της χλωρίδας, σοβαρή βλάβη στην οικολογική ισορροπία, οδηγώντας σε απώλεια φραγμού χλωρίδας ξενιστή, απώλεια βιολογικού ανταγωνισμού, ενδογενείς παθογόνους και εξωγενή αναπαραγωγή μάζας παθογόνων.
